1859년 설립한 학교로써 우수한 교수(741명) 및 학생(741명), 완벽한 학교 시설을 자랑한다. 더욱이 모든 강의가 영어로 이루어져 외국인에게 가장 적합하다. 또한 최고 상위층 대학이며 현지에서 법학, 수학, 컴퓨터분야에서 필리핀내 최고의 대학이다. 그러나 학점관리하기가 어려워 지금가지 입학했던 한국인은 극소수이다. 필리핀 역대 대통령 다수를 배출하고 독립의 영웅 호세리잘도 이곳 출신이며 김대중 전 대통령이 명예학 박사 학위를 수여 받았다. 우리 입장에선 U.P 와 비슷한 수업료 외국인이라고 특별한 수업료 차별은 없다.

 1621년 교황 그레고리 15세는 마닐라 대주교를 통해 In 1621 San Ignacio 대학에 신학과 문학분야의 학위를 수여할 수 있는 권한을 부여했다.

2년 뒤 스페인의 필립 4세는 이대학을 교황청소속이자 또한 왕립 대학으로 만들어 지면서 교황청과 똑같은 권한을 부여했다. 이로써 이 대학은 필리핀에서 뿐만 아니라 아시아 최초의 4년제 대학이 되었다.

 예수회는 1768년 그들이 스페인과 필리핀을 포함한 스페인 왕국으로부터 배제된 후 San Ignacio 대하을 스페인의 시민당국에 양도 했다. 1952년 왕국 포고령으로 다시 권한을 되 찾은 뒤 예수회가 필리핀을 떠나도록 명령을 받은 뒤 거의 1세기 만인 1859년 4월 14일 마닐라에 다시 되돌아왔다.이 예수회의 선교사들은 주로 민다나오 홀로(JOLO)에서의 선교목적으로 파견 되었다. 그러나 교육자로서의 그들의 명성은 마닐라 지도자들 사이에서의 평판이 대단했다. 8월 5일 시의회는 총독에게 공자금으로 예수회 학교를 세워 주도록 요청했다. 1859년 10월 1일 스페인 총독은 예수회에 그 당시 스페인 주민들의 자식 30여명의 학생들로 꾸려 나가던 소규모의 사립학교 Escuela Municipal 을 인수 하도록 허가 했다.시의 회로부터 조금씩 보조를 받고 있던 이 초등 학교가 그 당시 마닐라 유일의 초등학교 였다.

예수회 소속으로 이 학교는 Ateneo Municipal de Manila 라는 학교로 개명 되었고, 다시 1865년 고등교육 기관으로 바뀌었다. 이 학교는 학사위 뿐만 아니라 농업이나 조사, 그리고 비즈니스 분야에 관한 자격증을 수여하는 기술을 개설했다.

1900년대초 미국의 식민 통치와 함께  아테네오 대학은 정부 보조금이 끊겼고, 그 뒤 사립 학교로 변신했가. 1908년 미국 식민당국은 이 학교에 학사 학위와 전기공학을 포함한 여러 학교로 넓혀갔다. 1908년 미국 식민당국은 이 학교에 학사학위와 전기공학을 포함한 여러 분야에서 자격증을 수여 할 수 있는 권한을 부여했다.

1912년 미국의 예수회가 이 학교의 행정을 인수 받았다. 그리고 1932년 재 3대 미국인 총장이었던 신부(Rechard o Brien)에 의해서 화재로 소실된 인트라무로스의 캠퍼스를 떠나 에르미다지역의 Pader Faura로 이전했다. 1952년 이 대학은 이전 캠퍼스는 전문 대학원 교육 담당을 하였고, 현재의 Loyola Heights 캠퍼스로 이전 하였다. 1958년에 프란시스코 아라네따 신부가 첫 필리핀 학장으로 임명 되었으며 1959년에 이 대학은 종합대학으로 승격 되었다

1976년 Pader Faura capus가 문을 닫고, 1년 뒤 마카티의 중심가인 살세도 빌리지에 대학원을 위한 새 캠퍼스를 오픈했다. 1998년 다시 마카티의 새로운 개발 지역인 Rockwell에 더 큰 거물을 짓고 대학원을 이전했다. 새 캠퍼스에는 경영 대학원, 법대, 행정대학원이 있고 살세도 캠퍼스에는 아직 아테네오 정보 기술대학이 남아 있다.